Khovsgol nuur nằm ở phía tây bắc Mông Cổ gần biên giới với Nga, tại chân dãy núi Đông Sayany, nghĩa là ở phía nam của hệ thống đứt gãy Baikal. Nó nằm tại độ cao khoảng 1.645 m trên mực nước biển, dài 136 km, rộng khoảng 36,5 km và chỗ sâu nhất đạt tới 267 m. Nó chứa khoảng 70% toàn bộ nước ngọt của Mông Cổ và 0,4-2% tất cả lượng nước ngọt trên thế giới[1][2]

Lưu vực của nó tương đối nhỏ và có khoảng 96 sông, suối nhỏ đổ vào. Đường thoát nước duy nhất của nó nằm tại phía nam hồ, nối vào sông Egiin Gol, và con sông này lại nối vào sông Selenge để cuối cùng đổ vào hồ Baikal. Tổng thể, nước hồ phải chu du một khoảng cách trên 1.000 km và chênh lệch độ cao là khoảng 1.169 m, mặc dù khoảng cách theo đường chim bay giữa hai hồ này chỉ khoảng trên 200 km. Vị trí của nó ở miền bắc Mông Cổ giúp tạo thành ranh giới tự nhiên phía nam của các khu rừng taiga bạt ngàn của Siberi, trong đó loài cây thống lĩnh là thông rụng lá Siberi (Larix sibirica).

Hồ này được bao quanh bởi một số dãy núi. Đỉnh núi cao nhất là Bürenkhaan / Mönkh Saridag (3.492 m), với đỉnh của nó ở phía bắc hồ nằm ngay trên đường biên giới Nga-Mông Cổ. Bề mặt hồ bị đóng băng hoàn toàn trong mùa đông. Lớp băng dày và cứng đủ để cho các xe tải nặng có thể đi qua, vì thế các hành trình vận tải cũng từng được thiết lập trên mặt hồ như là một kiểu đường tắt cho các loại đường bộ thông thường. Tuy nhiên, thực tiễn này hiện nay đã bị cấm nhằm ngăn chặn ô nhiễm đối với hồ do rò rỉ dầu nhớt từ ô tô cũng như do xe tải có thể bị sụt khỏi lớp băng. Người ta ước tính rằng khoảng 30-40 ô tô đã bị chìm trong hồ theo thời gian.